Las Academias se constituye en la agrupación de docentes del DER que participan en los seminarios y talleres y se encuentran agrupados en las cuatro distintas áreas de formación, realizando investigación en acuerdo a sus contenidos temáticos. En las Academias pueden participar también docentes invitados e investigadores involucrados en los CA o grupos de investigación en los que los estudiantes desarrollan sus talleres.
En el DER se cuenta con cuatro Academias:
- Cultura (atiende el área de formación y la línea de investigación que agrupa las temáticas en torno a Comunicación, cultura e historia).
- Economía (atiende el área de formación y la línea de investigación que agrupa las temáticas en torno a Economía, sociedad y territorio).
- Educación (atiende el área de formación y la línea de investigación que agrupa las temáticas en torno a Problemas educativos regionales).
- Sociedad (atiende el área de formación y la línea de investigación que agrupa las temáticas en torno a Políticas públicas, derechos humanos y sustentabilidad).
En las academias se discuten aspectos relacionados con la formación de los estudiantes y se evalúa de manera permanente el programa.
Asignan los tutores y se definen los comités tutoriales de los estudiantes, los cuales se proponen, para su aprobación, al Comité Académico del Doctorado.
Reciben y organizan las propuestas y peticiones con relación a los seminarios optativos, por parte de los comités tutoriales y se turnan para que sean aprobados por el Comité Académico del doctorado.
Integran la planta académica para cada semestre y se organiza el proceso de selección de los aspirantes al doctorado, de acuerdo con los lineamientos establecidos.