Los contenidos del DER incluyen en el primer semestre un tronco común integrado por dos seminarios que cursan todos los estudiantes, indistintamente del área de formación a la que se inscriban (Seminario General de Estudios regionales y Seminario de Filosofía de las ciencias sociales y humanidades), además de las actividades académicas complementarias que se señalaron en el apartado anterior.

Los contenidos de estos dos primeros seminarios introducen al estudiante en el campo transdisciplinario de los estudios regionales a partir del conocimiento y análisis de los debates teóricos y metodológicos que lo han constituido como tal.

En el segundo semestre los estudiantes cursan dos seminarios de acuerdo al área de formación elegida (Seminario Especializado de Estudios Regionales y Seminario de Enfoques actuales de la investigación sobre problemas regionales).  Los contenidos de los dos seminarios correspondientes a este semestre permiten al estudiante profundizar en los debates teóricos y metodológicos contemporáneos que marcan los estudios regionales en el área de formación particular a la que se inscribió, así mismo, se inscribirá a las actividades académicas complementarias que se señalaron en el apartado anterior.

En conjunto, los contenidos de los cuatro seminarios que cursa el estudiante, durante los dos primeros semestres de su formación, le permiten contar con las bases necesarias para realizar estudios regionales y diseñar un proyecto de investigación que desarrollará como tesis doctoral en los siguientes semestres. En éstos el calendario escolar se establecerá con base en los lineamientos de la Dirección de Servicios Escolares.

Del tercero al quinto semestre los estudiantes deberán inscribirse a tres seminarios optativos (cuyos contenidos serán definidos por el comité tutorial, con base en el tema de investigación planteado) y a los talleres de investigación.

Los seminarios optativos podrían cursarse en alguna institución externa, nacional o internacional, y deberán ser solicitados por el Comité Tutorial del estudiante a la coordinación, instancia encargada de aprobar el traslado e inscripción del estudiante al seminario solicitado; en todos los casos, los créditos que acumule el estudiante con los seminarios optativos cursados en otros programas,  serán los que se especifican en este plan, por lo que la coordinación hará la equivalencia o convalidación respectiva. En ningún caso se podrá cursar seminarios optativos en el programa de maestría del que el estudiante egresó.

Adicionalmente las academias del DER podrán organizar, en tiempo y forma, bajo la titularidad de un académico forme parte del núcleo académico del DER, seminarios optativos en los que se aborden contenidos particulares que apoyen el desarrollo de las investigaciones de los estudiantes. Para este caso podrán solicitar apoyo de investigadores invitados, procedentes de otras instituciones. A estos seminarios optativos podrán asistir no sólo los estudiantes sino también los investigadores de los CA interesados.

A los tres talleres de investigación se inscriben los estudiantes en el tercero, cuarto y quinto semestre, considerando el calendario escolar establecido por la Dirección de Servicios Escolares de la UNACH. Como producto de cada uno los talleres el estudiante habrá participado como ponente en un evento académico de corte nacional y uno internacional, habrá escrito un artículo publicable en una revista especializada, formará parte de una red de investigación reconocida en su campo y habrá participado en cuatro coloquios locales exponiendo los avances de su investigación. En el último de éstos habrá presentado su borrador de tesis con la carta de terminación firmada por su Comité Tutorial, para obtener la candidatura al grado de doctor.

En resumen, la estructura curricular del DER comprende los siguientes seminarios,  talleres y actividades académicas complementarias y de permanencia a los que se inscribe el estudiante:

• Dos seminarios obligatorios de tronco común durante el primer semestre (1. General de Estudios regionales y 2. Filosofía de las ciencias sociales y humanidades) y tres cursos complementarios (1. Elaboración y presentación de trabajos académicos, 2. Búsqueda, selección y consulta de bases de datos y servicios de información especializada y 3. Elaboración de proyectos de investigación) así como al curso de lengua extranjera distinta al inglés.
• Dos seminarios obligatorios por área de especialidad en el segundo semestre (1. Especializado de Estudios regionales y 2. Enfoques actuales de la investigación sobre problemas regionales), y dos cursos complementarios (1. Hojas de cálculo y bases de datos y 2. Procesadores de datos cuantitativos y cualitativos).
• Tres seminarios optativos en el DER o en otros programas de la UNACH o en otras IES que haya aprobado la coordinación, previa solicitud presentada por el Comité tutorial del estudiante (del tercero al quinto semestre).
• Tres talleres de investigación (del tercero al quinto semestre).

Durante el sexto semestre el estudiante se inscribe al DER sólo para trabajar de manera personalizada con su Comité tutorial en la conclusión de su investigación que presentará como tesis doctoral.